做统计、数据分析、生物信息的朋友对R应该都不陌生，R是现今最受欢迎的数据分析和可视化平台之一。对于生信工程师来说，很多项目egNIPTpro、CNVseq等最终的CNV数据展示大多都会使用到R来进行图形化展示，eg下图，所以R的重要性对于生信分析工程师来说不言而喻。
工欲善其事,必先利其器。因此，在接下来的两三个月，打算将R语言实战这本书重新磕一遍，笔记通通放在这里，需要的拿走不谢，加油吧打工人
笔记开始：↓
#1）R赋值，使用-而不是传统的=作为赋值符号。也可反转赋值方向.x-rnorm(5)#与rnorm(5)-x等价#将输出用为输入--结果的重用#通过赋值，R中分析的输出结果可轻松保存，并作为进一步分析的输入使用。eglm(mpg~wt,data=mtcars)#结果将输出在屏幕上，不会保存任何信息lmfit-lm(mpg~wt,data=mtcars)#将结果保存在对象lmfit中#2）R中的帮助函数help.start()#打开帮助文档首页help("plot")或?plot#查看函数plot()的帮助文档help.search("plot")或??plot#以plot为关键词搜索本地帮助文档data()#列出当前已加载包中所含的所有可用示例数据集#3）用于管理R工作目录的函数getwd()#显示当前工作目录setwd("directorypath")#设置当前工作目录，注意路径中使用正斜杠或双反斜杠。R将反斜杠(\)作为转义符ls()#列出当前工作目录中的对象list.files()#查看当前工作目录下的文件list.dirs()#查看当前工作目录下的目录dir()#查看当前工作目录下的文件dir.create()#创建新目录help(options)#显示可用选项的说明options()#显示或设置当前选项history(n)#显示最近使用过的n个命令，默认值为25savehistory("myfile")#保存命令历史到文件myfile中，默认后缀诶.Rhistoryloadhistory("myfile")#载入一个命令历史文件save.image("myfile")#保存工作空间到文件myfile中，默认后缀为.RDataload("myfile.RData")#读取一个工作空间到当前会话中q()#退出R。将会询问你是否保存工作空间#4）输入与输出#启动R后将默认开始一个交互式的会话。#输入source("myscript.R")#可在当前会话中执行一个脚本、将执行包含在文件myscript.R中的R语句集合。#依照惯例脚本文件已.R作为扩展名，不过这并不是必需的。另外如果不包含路径，R将#假设此脚本在当前工作目录中。详见下图1-6展示#文本输出sink("filename")#将输出重定向到文件filename中，默认q情况下如果文件已经存在，则他的内容将被覆盖。使用参数append=TRUE可以将文本追加到文件而不是覆盖它。参数split=TRUE可将输出同时发送到屏幕或输出文件中。不加参数调用命令sink()将仅向屏幕返回输出结果。#图形输出#虽然sink()可以重定向文本输出，但它对图形输出没有影响。图形输出可使用下列函数dev.new()#可在一副新图形之前打开一个新的图形窗口dev.next()dev.prev()dev.set()dev.off()pdf("myfile.pdf")#输出pdf文件win.metafile("myfile.wmf")#输出Windows图元文件png("myfile.png")#输出png文件jpeg("myfile.jpeg")#输出jpeg文件bmp("filename.bmp")#输出bmp文件postscript("filename.ps")#输出postscript文件#5）R包管理#R提供了大量开箱即用的功能，R包是R函数、数据、预编译代码以一种定义完善的#格式组成的集合。计算机上存储包额目录称为库（library）。#R自带了一系列的默认包，egbase，datasets，utils，grDevices，graphics，stats以及methods等。.libPaths()#该函数能够显示库所在的位置search()#可显示哪些R包已加载并可使用install.packages("gclus")#安装R包update.packages()#可以更新已经安装的包installed.packages()#将列出安装额包，以及他们的版本号、依赖信息等library()#载入R包。在一个会话中，包只需载入一次#R包安装：是指某个CRAN镜像站点下载并将其放入库中的过程。help(package="package_name")#可以输出某个包的简短描述以及包中的函数名称和数据集名称。#6）批处理#多数情况下我们都会交互式使用R，个别时候可能需要以一种重复的、标准化的、#无人值守的方式执行某个R程序，这时可以在R中编写程序，在批处理模式下执行。#Linux或MacOSX系统下，可使用命令RCMDBATCHoptionsinfile.Routfile.Rout#options部分列出了控制执行细节的选项，infile.R包含了要执行的.Rscript,outfile.Rout为输出文件。#Windows系统下，可使用命令"C:\R\R-3.6.1\bin\R.exe"CMDBATCH--vanilla--slave"D:\R\myscript.R"生信修炼
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